Paso 2: Extraiga el tejido fino del cerebro usando FreeSurfer
Reconstrucción del tejido cerebral de la imagen es una ciencia por sí sola. Lo que parece bastante fácil, es realmente una tarea computacionalmente exigente. Hay varios programas de do diferentes de complejidad el trabajo. La ventaja de FreeSurfer es, que se ejecuta sin establecer ningún parámetro. Esto hace fácil de usar para personas con ningún fondo de Neurociencia.
Peparation:
Este paso es necesario para permitir fácil arrastrar y soltar entre el host y el sistema huésped
- Abrir el VirtualBox y empezar la imagen FreeSurfer
- Haga clic en el dispositivo -> imagen de Inserte el CD además de los
- Haga doble clic en "autorun.sh", introduzca la contraseña de sudo "freesurfer"
- Reinicie la máquina virtual (esquina superior derecha "fsuser" -> reiniciar)
Cerebro exctraction
- Arrastre el archivo NIFTI (brainscan.nii.gz en mi caso) en el escritorio de la máquina Virtual
- Abrir el Terminal
- Tipo de recon-all - s mybrain-todos -i /home/fsuser/Desktop/brainscan.nii.gz y pulse Intro, donde brainscan.nii.gz es el nombre del archivo NIFTI. (ver imagen)
- Espere a que el proceso de acabado. Después dirá algo como "[.] mybrain terminado sin error [.] "
Dependiendo de la velocidad de su computadora esto puede tomar hasta 2 días. En mi 4x3Ghz tardó 12 horas. Puede pausar y reanudar el Virtualbox en cualquier momento con "La máquina -> pausa". De esta manera usted puede reanudar el proceso después de apagar su ordenador.-
- Si desea acelerar este proceso, puede considerar dar a la máquina virtual más memoria RAM y el uso de CPU más (puede hacerlo en la configuración de la máquina). Tendrá que reiniciar la máquina virtual después de eso.
- Si el proceso Freesurfer obtiene cancela o accidentes necesita utilizar un nombre de sujeto diferente (mybrain2) o borrar la carpeta del tema para intentarlo de nuevo.
- Lo que está sucediendo en el fondo: FreeSurfer tratar varias cosas para determinar los mejores parámetros de extracción de cerebro. Iterar a través de miles de diferentes parámetros y ver si los resultados son buenos o no. Esto es necesario porque cada cerebro es diferente y requiere diferentes parámetros.
(Si desea más información sobre FreeSurfer, lea aquí)
