Asignación de microbios (2 / 3 paso)

Paso 2: Realizar la secuencia de la DNA en la muestra, recogida

Centro de secuenciación de ADN A extraerá el ADN microbiano de sus regiones específicas muestra y secuencia de los genomas presentes en la muestra. La región del genoma que debe ser secuenciado, depende en parte de qué organismos está tratando de identificar. Puede secuenciar una cosa para los animales (por ejemplo CO1) y otro para los microbios (e.g. rRNA).

Los genes de ARN ribosomal (rRNA) se examinan a menudo por los biólogos para la identificación de los microbios. Son antiguos, altamente conservado y común entre especies. Diferentes microbios tienen versiones diferentes de genes de rRNA. La versión específica de un gen de rRNA poseído por un organismo puede ayudar a los científicos (y usted) Dile uno aparte microbio de la otra.

Secuenciación del gen ARN ribosómico 16S es particularmente útil en distinguir un tipo de bacteria de otro. ¿Es una cianobacteria, proteobacteriumo un firmicute? Dependiendo del número de diferentes bacterias en la muestra original, los resultados de la secuencia pueden incluir cientos (o miles) de única 16S rRNA secuencias. Cada secuencia de ADN será 200-300 pares de base larga y puede utilizarse para caracterizar a las bacterias que estaban presentes en la superficie donde se recoge una muestra.

Tener un montón de datos de la secuencia de 16S rRNA gene le ayudará a identificar los microbios que estaban en la superficie donde se recoge una muestra. Pero este análisis requerirá algunos trabajos que impliquen la bioinformática. Por ejemplo, puede comparar los datos de la secuencia a los datos disponibles en bases de datos públicas, a ver si otros han caracterizado a cualquier ADN microbiano con semejanzas a sus datos.

¿Por qué no compartir sus datos en línea y deje que otros le caracterizan? Más allá de la tercerización del esfuerzo computacional, existen numerosas posibilidades interesantes una vez que la gente comienza a compartir sus datos...