Paso 4: sobre la biblioteca
La biblioteca estaba usando para hacer la comunicación se llama physicaloid de http://www.physicaloid.com/ que fue actualizado hace 2 años y no estaba funcionando la actualización final (para mí al menos). Así que después de discutir con la gente en el repositorio de github logró que el viejo archivo de jar de trabajo para esa biblioteca.
Mediante el uso de esta librería podemos no sólo comunicamos con Arduino, pero podemos subir archivos hexagonales compilados en Arduino, esta biblioteca tiene avrdude funcionalidad incorporada.