Paso 2: Visualización y Modelado Molecular
Después de diseñar en cadnano, hemos querido visualizar nuestros diseños. Nos encontramos con problemas cuando se intenta convertir la representación cadnano de la nanoestructura en una representación atómica para visualización en el software estándar de VMD. Como resultado de esta lucha, se construyó un pequeño módulo para traducir cadnano .Groovy archivos en el formato .mmcify luego utilizan para extender el Autodesk Visor Molecular para aceptar ficheros de archivo cadnano. Estos archivos mmcif son el nuevo estándar industrial para representación atómica y pueden ser utilizados para la visualización de modelos de gran escala que no podría ser manejado por los viejos modelos PDB. El diseño de la 'A' se convirtió en un archivo de .mmcif subiendo el archivo .Groovy de cadnano en el visor Molecular a través del portal de carga. Utilizando el visor era útil para determinar donde cada stand básico se encuentra en relación con el modelo más grande.
