Paso 14: programas
Los siguientes son programas gratuitos que puede utilizar para ver, editar, manipular y diseñar sus proyectos. Revisarán algunos de ellos en los siguientes pasos, otros salgo a explorar:
Banco de trabajo del genoma de NCBI:
Este es un programa de rica en función diseñado para explorar, alinear y montar desde el genoma a escala genética. Es un poco torpe para el usuario por primera vez sin embargo tienen excelentes tutoriales y actualizaciones regulares desde que es patrocinado por el NIH.
No mucho si nada ha cambiado desde ABI (ahora Life Technologies) lanzó su software del escáner de la secuencia, pero por qué arreglar lo que no está roto. Esta herramienta simple fácil de usar permite a los usuarios visualizar rápidamente sus cromatogramas (archivos de forma de onda que son el producto de las reacciones de secuenciación de Sanger) y los datos asociados a ellos incluyendo partituras de calidad. Su boletín de producto lo resume muy bien, sin embargo usted tendrá que registrarse para descargar.
BioEdit no puede ganar puntos de estilo, su interfaz parece es justo fuera de VB, pero es rico en herramientas de contenido y disposición. Tal vez una de las mejores suites de programas gratuitos de genética, rivales incluso los productos comerciales. La lista de características es larga y es probablemente el más completo de todos los programas que he evaluado.
El programa FastPCR es un excelente programa optimizado para el diseño de cebadores, sondas y reacciones de PCR; incluso tiene una función para probar sus cartillas en silico contra sus secuencias de referencia. Este programa sería genial para el biólogo bricolaje en casa diseñar pruebas SSP para detectar alelos específicos o para determinar la selección de la cartilla para un proyecto de secuenciación. Yo no he utilizado desde que fue a un juicio al enfoque basado en licencia, pero aún podrá obtener una versión de prueba para probar por un rato.
MEGA:
No he utilizado MEGA desde Licenciatura, no porque es un programa deficiente de hecho es genial, pero porque ya no hago phylogenetics. Si usted está interesado en la biología evolutiva y rastrear los orígenes de los genes, este es el programa para usted. Por lo que entiendo, él es sólo conseguido mejor desde mi licenciatura análisis filogenético en la evolución del ADN mitocondrial de la liebre.
Fácilmente uno de la DNA más usada la secuencia de los espectadores de todo, si sólo debido a su simplicidad y facilidad de uso, Chromas Lite le da sólo lo que usted necesita para ver cromatogramas de ADN y sin pelusa. Este es un favorito para vistas excepcionales que no requieran manipulación o montaje, éste debe ser donde la mayoría de los científicos DIY comienzan su incursión en el análisis genético.
Primer3 ha sido el abanderado en herramientas de diseño de la cartilla libre, abierta. Es ampliamente utilizado en toda la comunidad de investigación y aún se incorpora en diversos paquetes de software (pagados y gratuitos). La interfaz permite la sintonización fina de sus parámetros de diseño de la cartilla sin embargo es involucrados como manos libres como hacerlo permitiendo que a ambos novatos y experimentados usuarios la capacidad para utilizar su accederemos. Para más información, lea la siguiente publicación, Untergasser et al 2012.
Otros programas además de éstos existen, sin embargo no estoy tan familiarizado con ellos. No es decir que no son buenas, no quiero hacer esto ' ible una reseña gigante del software. Si eres aún curioso, Echale Sequencher GeneMark, GeneStudio, Softgenetics (ensayo), GenBeans, UGene, SEQtools (basado en la licencia) y suave. Me voy a software más orientado a la clonación en bacterias, levaduras y otros sistemas de modelo sin embargo también hay algunos freeware excelente hacia fuera para también (e.g. Serial Cloner). Personalmente, ahora solo trabajo con una suite de software pagado llamada Geneious puesto que habían estandarizado en mis años de laboratorio, es hábil y poderoso pero no asequible para el genetista DIY.
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