Paso 1: Proyecto drescription
El proyecto aborda el tema de Bioinformática y Computación Ciencia proponiendo la implementación de un algoritmo de rearmado de genoma humano en una placa de desarrollo de 4DDR de SDMONexys mediante el uso de algoritmos de programación dinámicas.
Como es bien sabido, la importancia práctica del ADN informática desarrollo de tecnologías (secuenciación, anotación,
montaje, almacenaje de datos moleculares, implementación de bancos de genes, etc.) es con una gran importancia en el siglo XXI. Debido a la magnitud de los conjuntos de datos (como el genoma humano pares 3,2 billones), aplicaciones de secuenciación de ADN participan muy computacional intensivo, y también tienden a requerir el procesamiento y almacenamiento de conjuntos de datos muy grandes.
Esta información es la forma de una secuencia que se computarán, o en forma de una secuencia para ser operados, tiende a conducir a muy largos plazos de ejecución de programas de software. Por esta razón, máquinas de secuenciación de próxima generación basadas en tecnologías FPGA masivamente paralelo de segmentos de ADN y salida millones de lectura corta
datos a analizar.
Todo este proceso implica que una gran parte de datos de ADN implica volver a ensamblar. Conocido como el mapeo del genoma lectura corta, la aplicación intenta determinar una muestra secuencia DNS por localizar el origen de millones de longitud corta se lee en una secuencia de referencia.
Comenzando desde arriba de observaciones, el proyecto propone los siguientes pasos de investigación: Cartografía el corto diseño de secuencias (o Lee) al genoma de referencia con el fin de reconstruir una muestra de ADN, generando todas las semillas para una lectura determinada (una semilla es un subsequence de una lectura que aparece en la referencia), lectura y aplicación de un
tabla de índice para generar todas las cal (candidato posiciones de alineación) para que una determinada semilla, diseño e implementación un filtro de cal eliminar repeticiones, realizando una alineación de Smith-Waterman en un conjunto de CALs para cada lectura, mediante una Junta de desarrollo de 4DDR de SDMONexys y Xilinx Vivado
Tecnología de MicroBlaze y experimentos,
Tablero de sistema utilizado en el proyecto, puede ser uno de los siguientes:
Nexys4 DDR
