Paso 5: Paso 5: ImageJ y costura de la imagen
Este proyecto depende en gran medida una imagen costura plugin desarrollado por Stephan Preibisch para imageJ. Este plugin se puede encontrar aquí: http://fly.mpi-cbg.de/~preibisch/software.html#Sti...
Este plugin se supone que las imágenes son nombre de una manera secuencial y se almacenan en el mismo directorio. Permite especificar la ubicación relativa de cada imagen a través del patrón fueron capturados (por ejemplo serpiente de izquierda a derecha) y el número de filas y columnas. Este plugin se puede establecer hasta ser por lotes automatizada. Una macro imagen básica para controlar esta secuencia de comandos es:
ejecutar ("rejilla/colección costura", "tipo = [red: serpiente por filas] orden = grid_size_x [derecho y abajo] = *** número de columnas *** grid_size_y = *** número de filas *** tile_overlap = 35 first_file_index_i = 1 directorio = [*** imagen directorio ***] file_names = *** nombre de directorio/imagen *** _ {III} .jpg output_textfile_name=TileConfiguration.txt fusion_method = regression_threshold [mezcla lineal] = 0,30 max/avg_displacement_threshold = 2.50 absolute_displacement_threshold = 3.50 compute_overlap subpixel_accuracy computation_parameters = [guardar memoria (pero más lento)] image_output = [fusible y pantalla]");
ejecutar ("RGB Color");
ejecutar ("Guardar", "guardar = [*** nombre de la imagen de salida y el directorio ***]");
Close();
Close();
Asegúrese de reemplazar texto con *** con información relevante.
En este punto debe ser listo ir. Hay muchas maneras de mejorar este sistema y, si no, dejámosme por favor saber.