Paso 3: Escoge una proteína
Fondo: Banca de datos de la proteína
Cuando biólogos y bioquímicos descubren la estructura de una proteína nueva (más a menudo ya sea por Cristalografía de la radiografía o Espectroscopia NMR) son generalmente requeridos para presentar sus nuevas estructuras a uno de varios repositorios masivos en línea. Estas estructuras se puede entonces por los científicos que quieren verificar, utilizar y mejorar sus resultados. Estos repositorios son disponibles para el público, en un esfuerzo por educar al público sobre los descubrimientos realizados y compartan los resultados que sus contribuyentes ayudó a fondo. Llamado el Protein Data Bank, cualquier persona con un equipo casi todos los descubrimientos de la ciencia moderna tiene a su alcance la hora de elegir un modelo de proteína para imprimir en 3D.
Bancos al uso
La investigación Collaboratory para bioinformática estructural (RCSB), una colaboración entre Rutgers, UCSD y Wisconsin-Madison, alberga un Protein Data Bank, que he utilizado:
http://pdbbeta.RCSB.org/PDB/Home/Home.do
ENZIMA es un miembro de una mayor colaboración científica de todo el mundo llamado el Mundo amplia Protein Data Bank, que une a la enzima y otros bancos de proteína en todo el mundo.
Elegir una proteína: dónde empezar
Las opciones de búsqueda para la elección de una proteína pueden ser bastante abrumadoras si no tienes idea donde empezar. Si usted no tiene idea lo que gustaría imprimir o lo que usted puede imprimir, la copia tiene una proteína recomendada del mes. Proteínas recomendadas proporcionan modelos 3D junto con escritos interesantes y animaciones sobre la función e importancia de las moléculas/proteínas que le interesan. Si alguna vez encontrar una proteína y quisiera saber más sobre él y una básica Wikipedia bastante no llene en, Proteopedia se mantiene estrechamente junto con la mayoría de las entradas de Protein Data Bank.
Opciones de búsqueda
Cuando busque una proteína, por ejemplo, "hemoglobina" se le dará la opción de ordenar los resultados. Voy a explicar aquí las características más interesantes y clasificación.
El método de ordenación que le ofrece la selección más grande es ordenar por el organismo. Para la búsqueda de hemoglobina solo contamos con resultados de cientos de organismos diferentes (no sólo los animales, también!). Trate de tomar un vistazo a las diferencias entre la hemoglobina de un humano, un ser humano con enfermedad de células falciformes, un caballo, un cachaloteo un gusano.
Medida que se desplaza a través de una búsqueda, usted encontrará que hay muchas estructuras diferentes para una proteína, dependiendo de la temperatura, qué tipo de solución de la proteína fue de cuando los científicos descubrieron su estructura y su resolución (en Ångströms, donde el diámetro de un solo átomo de cloro es 1Å. Un solo átomo de hidrógeno tiene un diámetro de .25Å.) Estructuras de la proteína incluso varían dependiendo de lo que se unen a mientras que están haciendo su trabajo: cambios de la hemoglobina forma con cada molécula de oxígeno se agarra y agarra 4! (cambio de forma para hacer cada "agarrar" sucesivamente más fácil, llamado atascamiento cooperativo). Estos no importa demasiado para una impresión 3D y nuestros usos, pero importa mucho a los investigadores: un modelo más preciso en ciertas condiciones podría significar una diferencia cuando se trata de un nuevo fármaco experimental teóricamente interaccionar con una proteína.
Descarga de la estructura
Para descargar la estructura 3D, vaya a la esquina superior derecha de la página de la proteína (en copia) junto a la designación de proteína (en este caso, 1HHO para el humano normal la hemoglobina, la proteína que transporta oxígeno en los glóbulos rojos) y haga clic en descargar archivos. Descargar su proteína como un archivo PDB. (Seleccionar texto para sin comprimir, o. GZ para un archivo comprimido que deberá descomprimir).
