Todo basado en los sistemas de archivos y particiones. Windows sólo puede leer NTFS y FAT sistemas de ficheros, mientras que Linux puede leer NTFS, FAT, Ext2, Ext3 y pronto Ext4 y algunos otros, pero no estoy tan al día en eso.
Básicamente, nos divide el thumbdrive en dos partes, una grasa (por lo que cualquiera puede leer) y la otra Ext3 (para cualquier usuario de linux puede leerlo.) Simple.